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时娟随口介绍了一下:“老板,这是我们从XJ带回来的样本,一共一百四十四种,现在需要对它们进行基因测序。”
这是育种4。0的前置工作。
育种4。0就是应用基因型大数据、表型大数据、环境大数据建立模型,并进行大量计算机模拟,以寻求在全基因组水平上对已知的不同位点等位基因的最佳组合。
它需要两个大前提,一个是超级计算机的海量算力,第二个就是基因组数据库。
马兰草的算力是有的,基因数据库是没有的。
这玩意耗资大,时间久,国内主要做了农作物的基因组测序,还有少量经济作物。
马兰草这种价值低的近似于野草的植物,是没有做测序的。
所以就得自己来。
文英他们现在就是在准备样本,然后构建DNA文库。
接着才是测序。
测序完了还要进行数据预处理、序列比对、变异检测、功能分析,并将结果可视化。
复杂着呢。
而接下来DNA文库构建是最关键的一步。
在这个步骤中,会将提取的基因组DNA随机打断成小片段,并进行末端修复等等。
育种4。0所需要的全基因组甲基化测序,还需要进行Bisulfite处理。
处理后才可以绘制出全基因组的DNA甲基化图谱,进而分析甲基化模式与特定表型之间的关联。
反正就是很麻烦,很耗时,还特殊,只能自己做,涉及到保密嘛。
只有做完了DNA文库构建,才能把样本发到其他科研单位一块做测序那一套工序。
最后拿回来自己做数据分析汇总。
文英她们现在愁的就在这里,样本太多。
每个样本的全基因文库构建需要几天到几周不等。
即便按照一周一个算,一百四十个样本也要两年多快三年呢,三个人同时做也要至少一整年。
所以就要有个取舍,哪份先做,哪份后做,如果前面几个样本就能达到目的,不是节省了时间嘛。
然后,她们三个意见不统一。
具体有哪些分歧,骆一航没听懂,再看罗宏志,一脸懵逼。
反正就是基因组相关,表型表现之类的东西。
谁也说服不了谁不说,她们仨自己的立场还在转变。
一会儿,文英否了自己的同意秦秋雁,一会儿秦秋雁又同意时娟,再一会儿时娟却同意文英了。
这事儿闹得,变成随机选项了……
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